В основе сюжета игры лежит роман писателей-фантастов Братьев Стругацких «Обитаемый остров». Главный герой — космический исследователь Максим Каммерер — попадает на планету Саракш вследствие крушения своего звездолета. На этой планете он сталкивается с военной диктатурой Земли Отцов, которая использует гипноизлучатели для контроля над своими гражданами. Будучи землянином, Максим не испытывает на себе воздействия этого биологического оружия и решает вступить в борьбу с правительством и освободить граждан от ментального контроля диктатуры. Главному герою удается уничтожить гипноизлучатель и добиться поражения военного режима Страны Отцов.Сюжет находит дальнейшее продолжение непосредственно в игре. После уничтожения гипноизлучателя и падения военной диктатуры население Страны Отцов впало в коматозное состояние, чем незамедлительно воспользовались Хонтийцы, хлынувшие в страну. Вскоре в войну вступили Варвары и Островная Империя. Игра предлагает игроку стать на сторону одной из четырех противоборствующих рас и вступить в бескомпромиссную борьбу с вражескими войсками.